A partire da settembre 2015, in Thimble vengono supportati i progetti composti da più file. All'elenco dei file di progetto, accessibile dal pannello di sinistra nella pagina iniziale di Thimble, è possibile aggiungere file per i linguaggi HTML, CSS e JavaScript.
Questa caratteristica permette sia di sviluppare progetti che possano estendersi a un maggior numero di pagine ed essere archiviati in più cartelle, sia di includere facilmente altro codice open source nel proprio progetto. È anche possibile aggiungere immagini direttamente dal proprio computer. In precedenza Thimble permetteva di aggiungere soltanto immagini già archiviate sul web.
