Hola, Habías probado sincronizar otro dispositivo anteriormente? podría ser que este corrupto la carpeta de sincronización dentro del Firefox, que no estaba habilitado la sincronización de marcadores, podría ser que la versiones de los Firefox eran diferentes. De todas formas Sync es un servicio de sincronización no de respaldo. Para backup o respaldos debes copiar la carpeta de perfil del Firefox Saludos